2006 februárban a Super Junior 05 megkezdte előadásait a Miracle c. dallal, a második kislemezükkel, a bemutatkozó albumukról. A Miracle vezette a toplistákat Thaiföldön, és érdeklődéssel fogadták a nemzetközi piacon is.
Ezután az SM kezdte kiválasztani az új tagokat a Super Junior 06-hoz, a második generációs SUJU-hoz. A cég készített egy listát azokról a tagokról, akik kikerülnek a bandából, azonban felhagyott ezzel, amikor 2006-ban a 13. tag, Kyuhyun került a csoportba. Ezzel véglegesen kialakult a zenekar, és a nevük végéről is lekerült a 05 toldalék, és Super Junior néven futottak tovább.
Miután Kyuhyun bekerült a tagok közé, hamarosan kiadták a U c. dalt, amit ingyenesen lehetett letölteni a banda hivatalos oldaláról 2006. május 25-én. A U meghaladta az 1,7 millió letöltést, és a szerver összeomlott. A U c. kislemezt három dallal, június 06-án adták ki, ami 81.000 példányban kelt el Dél-Koreában. A U lett az év legnépszerűbb dala, öt egymást követő héten át Korea legjobb zenei programjaiban. Év végén a Super Junior számos díjat nyert a 21. Golden Disk Awards-on.
2006 év vége felé megalakul a Super Junior első hivatalos alcsoportja, a Super Junior - K.R.Y. A trió 2006. november 5-én debütált a KBS Music Bank műsorában, ahol a The One I Love c. dalt adták elő, ami a Hyena c. drama egyik dala.
2007 februárban megalakula Super Junior második hivatalos alcsoportja, a Super Junior - T. A zenéikkel az idősebb korosztályt célozzák meg, ezzel ők az első ilyen idol csapat a kpop-ban. Hat tag alkotja, Leeteuk, Heechul, Kangin, Shindong, Sungmin, és Eunhyuk. 2007-ben jelent meg kislemezük, Rokkugo néven.
A banda második albuma 2007. szeptember 20-án jelent meg, Don't Don címmel. Az első nap 60.000 példányban kelt el, év végéig több, mint 160.000 db. Az album vegyes kritikákat kapott a kritikusoktól. A Super Junior hét jelölést kapott az Mnet/KM Zenei Festiválon, melyből hármat megnyert, köztük az év művésze díjat, ami sokaka szerint a legnagyobb elismerés az eseményen. A SUJU két további elismerést szerzett a 22. Golden Disk Awards-on, köztük az Év Zenei Felvétele Díjat.