2006. november 5-én az SM Entertainment a Super Junior együttesen belül, létrehozott egy alcsoportot, a Super Junior K.R.Y.-t. Ez a csoport nemcsak a Super Junior első alcsoportja, hanem az egész kpop világé is. Három tagból áll, a rövidítés a három tag nevének kezdőbetűjéből alakult, K. (Kyuhyun) R. (Ryeowook) Y. (Yesung). A csoport az érzelmesebb dalokra, balladákra szakosodott. A trió 2006. november 5-én debütált a KBS Music Bank műsorában, ahol a The One I Love c. dalt adták elő, ami a Hyena c. drama egyik dala.
A trio két dalt is énekel a Hyena c. sorozathoz, az egyiknek a címe The One I Love, a másik a The Night Chicago Died. A csoport további két eredeti filmzenével is fellépett, az egyik a Steps To Stop c. dal, a Snow Flower doramaból, a másik az Just You c. szám, a Billie Jean, Look At Me sorozatból.
2009-ben a Dreaming Hero című számot éneklik, a Partner drámából.
2010- és 2011-ben megtartották első turnéjukat Ázsiában. A turné 2010 augusztusban kezdődött Tokióban, majd folytatódott Kobe-ban, Taipei-ben, Fukuoka-ban, és Seoulban, és Nanjing-ban Kínában fejeződött be. A turnén több mint 22.000 ember vett részt. A szöuli koncerteken a Super Junior három tagja, Donghae, Sungmin és Heechul különleges vendégként szerepelt, valamint Shinee és a TRAX nevű formációval is felléptek.
2011-ben az Mnet Superstar K3 nevű koreai tehetségkutató dalát a trió énekli , a címe FLY.
2012-ben a Super Junior K.R.Y különleges téli koncertet adott Yokohama-ban, november 19- és 21 között. A koncerteken 15.000 rajongó jelent meg. Megjelent néhány daluk, és egy előzetes videó, a közelgő japán kislemezükből, a címe Promise You. A Yokohama koncertekre a jegyeket október 27-én kezdték árusítani, és három másodperc alatt elkeltek.
2012 decemberben és januárban Kobe-ban, és Tokyo-ban voltak előadásaik. Bebizonyosodott, hogy nagy a rajongótáboruk Japánban is, a koncertjeikre 1,500,000 jegyet adtak el.
2012-ben eléneklik a To The Beautiful You c. sorozat egyik dalát, SKY címmel, valamint a Ms Panda and Mr Hedgehog c. dorama Loving You című dalát.
2013. január 23-án látott napvilágott Promise You c. japán kislemezük, amiből több mint 40.000 példányt adtak el az első nap, január 23-án. A következő nap a lemez az 1. helyre került eladások tekintetében.
2015-ben Yesung visszatért a katonai szolgálatból, így a trió újra együtt. Japán turnéjuk Yokohama-ban kezdődött június 2-án, és 3-án. Összesen 11 koncertjük volt Kobe, Fukuoka, és Nagoya városokban.
2015 júliusban az SM Entertainment bejelentette, hogy a Super Junior K.R.Y. -nak az ázsiai turnéjuk Szöulban, a 'Seoul at the Olympic Hall-ban' kezdődik augusztus 22-én és 23-án.
2015. augusztus 5-én a triónak megjelent második japán kislemeze Join Hands címmel.
2020. június 08-án végre megjelent a formáció első koreai kislemeze, When We Were Us címmel.